Tại miền Nam Việt Nam những năm trong thập niên 1960 và đầu thập niên 1970, mạng lưới chính quyền của MTGP bí mật phát triển, có ảnh hưởng rộng rãi đối với quần chúng nhân dân. Mạng lưới này được Hoa Kỳ gọi là "cơ sở Việt Cộng" (VCI – Viet Cong infrastructure), hay mạng lưới "cơ sở cách mạng" (theo các tài liệu Việt Nam), cung cấp sự kiểm soát và chỉ đạo đấu tranh chính trị cũng như quân sự của MTGP tại các làng xóm tại miền Nam Việt Nam.[2]

Mạng lưới các cơ sở cách mạng này cấp lương thực và vật dụng cho các lực lượng vũ trang địa phương hoặc các lực lượng từ các căn cứ gần biên giới; cung cấp thông tin tình báo, dẫn đường cho Quân Giải phóng từ miền Bắc vào; động viên nhân lực địa phương trợ giúp cho du kích và bộ đội chủ lực, tiến hành thu thuế, và tuyển mộ các thanh niên địa phương cho các lực lượng võ trang của quân Giải phóng.[2]

Hệ thống kể trên đã hoạt động ở miền Nam từ nhiều năm và thành thạo trong các phương pháp hoạt động bí mật. Chương trình Phụng Hoàng được Mỹ và chính phủ Việt Nam Cộng hòa phát triển nhằm phá hủy hệ thống cơ sở cách mạng kể trên. Khác với các nỗ lực quân sự, Phụng Hoàng là hoạt động mang tính truy bắt của Cảnh sát quốc gia và được chỉ đạo bởi các Ủy ban Phượng Hoàng bao gồm đại diện phía dân sự và các tổ chức quân sự bao gồm cứu tế xã hội, các cơ quan tình báo và tuyên truyền. Hoa Kỳ và Việt Nam Cộng hòa thực thi những điều luật riêng biệt áp dụng cho tội xúi giục chống đối và yêu cầu các công dân ủng hộ bằng cách cung cấp thông tin.

Chương trình Phụng hoàng bắt đầu hoạt động từ cuối năm 1966. Ngày 20 tháng 12 năm 1967, Hoa Kỳ mới chính thức hỗ trợ với phương thức, thu thập tin tức, và trắc nghiệm.[1]